El trastorno de oposición desafiante a menudo precede al desarrollo del trastorno de la conducta, especialmente para aquellos con el tipo de trastorno de la conducta de inicio en la infancia. Sin embargo, muchos niños y adolescentes con trastorno de oposición desafiante no desarrollan posteriormente un trastorno de la conducta. Los niños con TOD pueden tener dificultades con las relaciones interpersonales, particularmente con sus padres, maestros y compañeros. Existe un mayor riesgo de desarrollar trastornos de ansiedad y trastornos depresivos mayores, incluso en ausencia de un trastorno de la conducta. Los niños cuyo perfil es predominantemente desafiante, argumentativo y con síntomas vengativos conllevan la mayor parte del riesgo del trastorno de la conducta, mientras que los perfiles enojados y/o irritables conllevan la mayor parte del riesgo de los trastornos emocionales. Los niños y adolescentes con trastorno de oposición desafiante tienen un mayor riesgo de una serie de problemas de adaptación en la edad adulta, incluidos el comportamiento antisocial, los problemas del control de impulsos, el abuso de sustancias, la ansiedad y la depresión. Las condiciones coexistentes incluyen el trastorno por déficit de atención e hiperactividad y los trastornos del estado de ánimo.
Los niños con altos niveles de reactividad emocional y poca tolerancia a la frustración pueden tener problemas relacionados con la regulación emocional. Este perfil emocional es común en niños con TOD. Se ha demostrado que los padres de niños con TOD exhiben habilidades de resolución de problemas menos efectivas y estilos de crianza negativos (por ejemplo, no involucrados, de rechazo, estrictos). Por lo tanto, el TOD podría ser la respuesta de un niño a la interacción padre-hijo. Se ha investigado que papel juegan con el TOD los marcadores neurobiológicos, como la reactividad de la conducción de la piel, una frecuencia cardíaca más baja, una reactividad del cortisol basal reducida y anomalías en la corteza prefrontal y la amígdala. Ningún neurotransmisor o vía neurológica se ha identificado como la causa raíz. El trastorno de oposición desafiante parece ser familiar, pero la investigación aún tiene que determinar qué papel juega la genética porque los estudios sobre la genética del trastorno han producido resultados inconsistentes.