Las pesadillas a menudo son comórbidas con otros trastornos psiquiátricos, como el trastorno por estrés postraumático (TEPT), el insomnio, la psicosis, trastornos del estado de ánimo, trastornos de ansiedad y dolor. Por esta razón, el trastorno de pesadillas debe diagnosticarse solo cuando las pesadillas son lo suficientemente graves como para justificar una atención clínica independiente. Adicionalmente, el trastorno de pesadillas no se debe diagnosticar además del TEPT a menos que las pesadillas no tengan relación temporal con el TEPT (es decir, preceda a la aparición del TEPT o persista después de la remisión del TEPT).
se sabe poco sobre la neurobiología del trastorno de pesadillas. Sin embargo, algunos estudios han vinculado las pesadillas con varios sistemas de neurotransmisores, en particular la norepinefrina, la serotonina y la dopamina, y con la actividad en redes neuronales afectivas, como la amígdala, el hipocampo, la corteza prefrontal medial y la corteza cingulada anterior. No está claro si los diferentes tipos de pesadillas (por ejemplo, los relacionados con el trastorno de pesadillas versus con el uso o la abstinencia de sustancias) comparten una fisiopatología subyacente común. Las personas con trastorno de pesadillas tienen más probabilidades de tener un historial de eventos adversos, lo que puede contribuir a la incidencia de pesadillas.